Pronto decidió embarcarse rumbo a África con la intención de terminar un libro empezado por su padre acerca de fetiches religiosos y sacrificios rituales en sociedades primitivas. En 1893, desembarcó en Sáo Paulo de Luanda, en la actual Angola, y convive durante un tiempo con los nativos de Cabinda, entre el Congo y Zaire, donde recogió información. Durante ese viaje aprendió técnicas de navegación. Kingsley vuelve a Inglaterra pero ese mismo año se embarca, de nuevo, rumbo a Sierra Leona. Describe con mucho humor las peripecias, a veces jugándose la vida, que tuvo que hacer, como por ejemplo, en una de sus expediciones, en la que se adentró en el país de los canívales fang, o sus luchas contra cocodrilos, sombrilla en mano. Tras pasar por Canarias en 1892, rumbo de nuevo a África, se adentró en objetivos más complicados, El Congo, o, como lo llamaban entonces, "la tumba del hombre blanco", por la multitud de enfermedades letales que había. En su viaje hasta es lugar prácticamente inexplorado, convive durante un tiempo, con los fang, tribu que hasta entonces incluso ella misma creía caníval. En 1895 comienza su verdadera expedición por el Congo francés, una zona completamente desconocida para el hombre occidental. Realizó una de las mejores expediciones que se han hecho hasta la fecha de la zona del Congo, estudió la cartografía, la naturaleza, la religión, la sociedad y sus costumbres y los secretos de las tribus. También en esa expedición escaló los 4.095 metros del monte Camerún por una ruta desconocida hasta entonces por el resto de los europeos, y cuando había llegado a la cima, tuvo que escapar rápidamente de un tornado. Con una gran valentía para la época, describe la cultura del Congo de manera que ofendió a algunos europeos, alaba la poligamia y de más costumbres inpensables para su propia raza. Cuando volvió a su casa, en 1895, se dio cuenta de que era famosa, la acosaban los periodistas. Decide, entonces, escribir otra obra en 1897, que conquista con cohetaneos, sobretodo, por el humor con que está escrita, no frecuente en las publicaciones científicas del momento. Pero aun así aun existía mucha gente que la odiaba, Kingsley criticó a la Iglesia Católica por enviar misioneros, alabó la poligamia, y dijo: "un negro no es más que un blanco subdesarrollado". Palabras que ofendieron mucho a la clase conservadora. Escribió dos libros más, el último de ellos, un año antes de morir. Se le ofreció el trabajo de consejera del ministro de las colonias pero lo rechaza y se marcha como enfermera voluntaria en la guerra Anglo-Boer. Murio de fiebre tifoidea a los 37 años. Sus restos fueron arrojados al mar tal y como ella quería. Mary Kingsley destacó por su audacia y valentía entrando, no sólo en un mundo de hombres en el que las mujeres no podían participar, sino en un mundo, como era el Congo, que ni los hombres blancos se atrevían a pisar. También llama la atención de ella su humor, contando situaciones en las que incluso se jugaba la vida y su vestimenta, trajes victorianos y sombrilla, incluso, en sus expediciones mas inhóspitas.
A la derecha, los viajes que realizó Mary Kinsgley.